Археологічний музей
В Археологічному музеї можна побачити багату колекцію найдавніших судин і керамічних виробів, відомі амфори з зображенням Троянського коня та падіння Трої, зразки скульптури й ювелірних виробів, художні мініатюри, скло. Окремої уваги заслуговують артефакти, знайдені під час розкопок некрополя, розташованого на сусідньому острові Ринія, серед яких один із найвідоміших шедеврів давньої лепнини - глиняна статуетка грецької красуні в традиційних вбраннях.
Морський музей Егейського моря
Один з найкращих регіональних музеїв країни, що відображає у своїй експозиції історію судноплавства Егейського моря. Заслуговують на увагу виконані з вражаючою точністю копії античних гребних суден, пізніших вітрильників і пароплавів. Тут також можна побачити колекції античних амфор і ваг, велику кількість карт, навігаційних приладів тощо. Збереглася верхня частина знаменитого маяка з північного мису - Арменістіс.
Музей фольклору
У музеї зібрана колекція старовинних меблів, візантійські ікони, народна кераміка, колекція вишивок і тканин, а також моделей старовинних суден.
Музей вітряних млинів
Млини являють собою величезні білосніжні башти округлої форми з гострим солом’яним дахом і дуже маленькими вікнами. Більшість цих величних споруд було зведено венеційцями у 16 столітті, хоча їх будували аж до початку 20 століття. З часом, із розвитком технічного прогресу, використання вітряних млинів і їхня кількість зменшувалися, поки в середині 20 століття вони повністю не припинили свою роботу. Згодом більшість млинів було ретельно відремонтовано. Сьогодні на острові Міконос збереглося 16 вітряних млинів. У них розміщуються кафе, музеї, виставкові зали та готелі.
Церква Богородиці Парапортиані
Побудована на місці бокового виходу з середньовічної фортеці («парапорти» в перекладі з грецької - вихід), ця церква складається з п’яти білих каплиць - 4 з них розмістилися на нижньому рівні (святого Евстафія, святого Сазона, святого Безкорисливості (святих Козьми і Даміана) та святої Анастасії), а п’ята - яка й носить ім’я Панагії Парапортиани (ікони святої Богоматері) - піднялася догори.